西安电子科技大学计算机科学与技术学院教授、博士生导师。先后于西北大学获数学学士学位，西安电子科技大学分别获计算机软件与理论及信号与信息处理硕士和博士学位。受到Jeffrey S. Vitter教授邀请，曾在堪萨斯大学工作一年。IEEE高级会员，ACM会员，中国计算机学会高级会员。在IEEE TKDE，Information and Computation, Bioinformatics, IEEE/ACM TCBB和IEEE ICDE, DCC 等国内外重要刊物和会议发表学术论文100余篇。

研究成果

与Jeffrey S. Vitter教授合作，引入了k-阶图熵的概念。首次建立了标签属性有向多重图的熵压缩表示模型，并提出了标签属性有向多重图的新型熵空间自索引CGraphIndex。无需存储原始输入，因为自索引本身编码了数据。CGraphIndex在图属性上达到了高阶熵压缩；在图结构上达到了一阶图熵。 CGraphIndex已在GitHub上开源。CGraphIndex已被 AI Devin 在DeepWiki上全面解析 。网址为:  https://deepwiki.com/Hongweihuo-Lab/CGraphIndex

CGraphIndex主要特征包括：

• 常量时间操作：支持在常量时间内在图结构和图属性上的基本和导航操作。

• 高效的属性提取：能够快速检索顶点和边上的属性。

• 快速模式匹配：能够快速定位给定模式在顶点属性串和边属性串中的位置。

• 查询优化：在复杂查询、商业智能任务、图分析（BFS和PageRank）方面，在空间占用和查询时间方面显著优于传统图数据库系统。

2012年邀请Jeffrey S. Vitter教授访问西电（http://oice.xidian.edu.cn/info/1010/1897.htm）

（https://meeting.xidian.edu.cn/html/news/201301/202.html）

近期研究与软件开发

• 超大规模社交网络标签属性有向多重图的压缩自索引与查询优化

• 泛基因组压缩索引与近似模式搜索 

• 神经网络模型压缩

主要研究方向: 压缩数据结构，熵压缩索引与检索，算法理论与算法工程

• 算法设计与分析，算法工程，串算法, 图算法 

• 压缩索引与检索，压缩数据结构

• 图数据库压缩索引与相似性搜索，属性图压缩索引与检索 

• 泛基因组索引，基因组压缩与模式搜索

• 并行与分布式算法, 外存算法

Featured software

GeCSA: Practical High-order Entropy-compressed Text Self-indexing

(Hongwei Huo, Peng Long & Jeffrey Scott Vitter)

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Featured publications

• H. Huo, Y. Yu, Z. He, J. S. Vitter, Indexing labeled property multidigraphs in entropy space, with applications, Proceedings of the 41st IEEE International Conference on Data Engineering  (ICDE'25), Hong Kong SAR, China, 2025, pp. 2478-2492. Source Code. PDF.  CCF A类会议
  

• H. Huo, Z. He, P. Liu, J. S. Vitter, FM-Adaptive: A practical data-aware FM-Index, Workshop on Compressed Indexing and Graphs, 23rd Symposium on Experimental Algorithms, July 22-25, Venice, Italy. 2025, Article No. 5; pp.5:1–5:22. Source code. PDF.  

• L. Guo, Z. He, H. Huo, Panaln: Indexing pangenopme for read alignment, Bioinformatics, August 28, Online, 2025. Source Code. PDF. CCF B类刊物

• H. Huo, P. Long, J. S. Vitter, Practical high-order entropy-compressed text self-indexing, IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering (TKDE),  35(3): 2943-2960, 2023. Source code. PDF. CCF A类刊物 

• X. Chen, H. Huo, J. Huan, J. S. Vitter, W. Zheng, and L. Zou, MSQ-Index: A succinct index for fast graph similarity search, IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering (TKDE), 33(6):2654-2668, 2021. Source Code. PDF.  CCF A类刊物

• Z. Li, J. Li, and H. Huo, Optimal in-place suffix sorting, Information and Computation (IandC), 285(Part B):104818, May 2022. PDF.  CCF A类刊物 

• H. Huo, P. Liu, C. Wang , H. Jiang and J. S.Vitter, CIndex: compressed indexes for fast retrieval of FASTQ files, Bioinformatics,  38(2):335-343, 2022. Source Code. PDF. CCF B类刊物

• X. Chen, H. Huo, J. Huan, and J. S. Vitter, An efficient algorithm for graph edit distance computation, Knowledge-Based Systems (KBS),163(2019): 762–775, 2019. Source Code. PDF. 中科院一区

• H. Huo, X. Chen, X. Guo, J. S. Vitter, Efficient compression and indexing for highly repetitive DNA sequence collections, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (TCBB), 18(6): 2394-2408, 2021.  PDF. CCF B类刊物

• Z. Sun, H. Huo, J. Huan, and J. S. Vitter, Feature reduction based on semantic similarity for graph classification, Neurocomputing, 397:114–126, 2020. PDF. 中科院二区

• H. Huo, X. Chen, Y. Zhao, X. Zhu, and J. S. Vitter, Practical succinct text indexes in external memory, Proceedings of the 2018 IEEE Data Compression Conference (DCC'18), Snowbird, USA, 2018. 数据压缩顶会

• Z. Li, J. Li and H. Huo, Optimal in-place suffix sorting, Proceedings of the 25th International Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE), Lima, Peru, 2018.  信息检索重要会议

• H. Huo, Z. Sun, S. Li, J. S. Vitter, et al., CS2A: a compressed suffix array-based method for short read alignment, Proceedings of the 2016 IEEE Data Compression Conference (DCC'16), Snowbird, USA, 2016. 数据压缩顶会

• H. Huo, L. Chen, H. Zhao, J. S. Vitter, et al., A data-aware FM-index, ACM-SIAM Proceedings of the 17th Meeting on Algorithm Engineering and Experiments (ALENEX), San Diego, California, USA, 2015. 算法工程顶会

• H. Huo, L. Chen, J. S. Vitter, and Y. Nekrich, A Practical implementation of compressed suffix arrays with applications to self-indexing, Proceedings of the 2014 IEEE Data Compression Conference (DCC'14), Snowbird, USA, 2014. 数据压缩顶会

Software

实验室开发的软件可在GitHub上访问（压缩索引与检索、数据压缩、外存压缩索引，基因组压缩与模式搜索，图数据库熵压缩索引）

can be reached at: hwhuo@mail.xidian.edu.cn