霍红卫

个人信息:Personal Information

教授

性别:女

毕业院校:西北大学

学位:博士学位

在职信息:在岗

所在单位:计算机科学与技术学院

学科:计算机软件与理论

办公地点:北校区计算中心楼213

电子邮箱:

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个人简介:Personal Profile

西安电子科技大学计算机科学与技术学院教授、博士生导师。先后于西北大学获数学学士学位,西安电子科技大学分别获计算机软件与理论及信号与信息处理硕士和博士学位。受到Jeffrey S. Vitter教授邀请,曾在堪萨斯大学工作一年。IEEE高级会员,ACM会员,中国计算机学会高级会员。在IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering (TKDE),Information and Computation (IandC)Bioinformatics, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (TCBB)和IEEE Data Compression Conference (DCC), String Processing and Information Retrieval (SPIRE) 等国内外重要刊物和会议发表学术论文100余篇。北极代码库贡献者。


研究成果

建立了熵压缩空间上快速检索的理论、方法与技术。提出达到高阶熵压缩空间且支持快速检索的压缩全文自索引模式, 适用于全文索引问题相关的应用领域。提出了新的编码RL-delta码。提出了迭代近邻函数Phi^{h},改进了查询理论复杂度。提出了首个支持快速相似性搜索的图数据库简明索引,空间占用逼近图数据库规模的线性对数函数。共同提出了最优原位后缀排序算法。所开发的压缩索引系列软件已在IEEE Code Ocean 和 GitHub上开源。


2012年邀请Jeffrey S. Vitter教授访问西电(http://oice.xidian.edu.cn/info/1010/1897.htm

https://meeting.xidian.edu.cn/html/news/201301/202.html


近期开发

1.  基因组压缩索引与模式搜索,进行中

2.  超大规模社交网络属性图的高阶熵压缩索引与检索,进行中


主要研究方向: 压缩数据结构,压缩索引与检索,大数据算法技术

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  • 算法设计与分析,算法工程,串算法, 图算法 

  • 压缩索引与检索,压缩数据结构

  • 图数据库压缩索引与相似性搜索,属性图压缩索引与检索 

  • 泛基因组索引,基因组压缩与模式搜索

  • 并行与分布式算法, 外存算法


Featured software

GeCSA: Practical High-order Entropy-compressed Text Self-indexing

(Hongwei Huo, Peng Long & Jeffrey Scott Vitter)



欢迎有一定算法或数据结构及编程基础的同学报考/推免, 有本部工学硕士名额!

感兴趣的同学请发简历、大学成绩单及已有基础到邮箱:hwhuo@mail.xidian.edu.cn  


Featured publications

  1. 1. H. Huo, P. Long, J. S. Vitter, Practical high-order entropy-compressed text self-indexing, IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering (TKDE),  preliminary version published electronically September 22, 2021. Source code published in Code Ocean. PDF. CCF A类刊物

  2. 2. X. Chen, H. Huo, J. Huan, J. S. Vitter, W. Zheng, and L. Zou, MSQ-Index: A succinct index for fast graph similarity search, IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering (TKDE), 33(6):2654-2668, 2021,  preliminary version published electronically November 20, 2019.  PDF.  CCF A类刊物

  3. 3. Z. Li, J. Li, and H. Huo, Optimal in-place suffix sorting, Information and Computation (IandC), preliminary version published electronically November 10, 2021, 104818. PDF.  CCF A类刊物 

  4. 4. H. Huo, P. Liu, C. Wang , H. Jiang and J. S.Vitter, CIndex: compressed indexes for fast retrieval of FASTQ files, Bioinformatics 38(2):335-343, 2022PDFCCF B类刊物

  5. 5. X. Chen, H. Huo, J. Huan, and J. S. Vitter, An efficient algorithm for graph edit distance computation, Knowledge-Based Systems (KBS),163(2019): 762–775, 2019PDF. 中科院一区

  6. 6. H. Huo, X. Chen, X. Guo, J. S. Vitter, Efficient compression and indexing for highly repetitive DNA sequence collections, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (TCBB), 18(6): 2394-2408, 2021, preliminary version published electronically January 21, 2020.  PDF. CCF B类刊物

  7. 7. Z. Sun, H. Huo, J. Huan, and J. S. Vitter, Feature reduction based on semantic similarity for graph classification, Neurocomputing, 397:114–126, 2020. PDF. 中科院二区

  8. 8. H. Huo, X. Chen, Y. Zhao, X. Zhu, and J. S. Vitter, Practical succinct text indexes in external memory, IEEE Data Compression Conference (DCC), Snowbird, USA, 2018. 数据压缩顶会

  9. 9. Z. Li, J. Li and H. Huo, Optimal in-place suffix sorting, Proceedings of the 25th International Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE), Lima, Peru, 2018.  信息检索重要会议

  10. 10. H. Huo, Z. Sun, S. Li, J. S. Vitter, et al., CS2A: a compressed suffix array-based method for short read alignment, IEEE Data Compression Conference (DCC), Snowbird, USA, 2016. 数据压缩顶会

  11.  11. H. Huo, L. Chen, H. Zhao, J. S. Vitter, et al., A data-aware FM-index, ACM-SIAM Proceedings of the 17th Meeting on Algorithm Engineering and Experiments (ALENEX), San Diego, California, USA, 2015. 算法工程顶会

  12. 12. H. Huo, L. Chen, J. S. Vitter, and Y. Nekrich, A Practical implementation of compressed suffix arrays with applications to self-indexing, IEEE Data Compression Conference (DCC), Snowbird, USA, 2014. 数据压缩顶会


Software

实验室开发的软件可在GitHub上访问(压缩索引与检索、数据压缩、外存压缩索引,基因组压缩与模式搜索,图数据库压缩索引与相似性搜索)


学生去向中科院、高校、研究所、百度、腾讯、阿里、华为、中兴、三星、美团、SPSS、IBM、Intel、字节跳动、创建软件公司等。


欢迎有一定算法或数据结构及编程基础的同学报考/推免, 有本部工学硕士名额!

感兴趣的同学请发简历、大学成绩单及已有基础到邮箱:hwhuo@mail.xidian.edu.cn  

 




  • 教育经历Education Background
  • 工作经历Work Experience
  • 研究方向Research Focus
  • 社会兼职Social Affiliations
  • Algorithm and its complexity: string algorithms, graph algorithms
  • Compressed data structures, Compressed indexes and retrieval for big data
  • Compressed indexing for graph databases, Graph compression and search, Genomic compression and pattern search
  • Parallel and distributed algorithms, External memory algorithms, Algorithm engineering
    • IEEE Senior Member
    • ACM Member
    • CCF Senior Member