叶育森，博士/硕士研究生导师，省级青年人才，2020年3月以“人才引进”破格副教授进入计算机科学与技术学院计算生物信息研究所工作。主要的研究方向为生物数据分析、深度学习及图表示学习理论、生物信息学等。主要的代表作发表在《Nature Communications》（IF=17，2026）、《Genome Research》（基因组顶级期刊，2026）、《Advanced Science》（IF=16，2019和2023）、《Nucleic Acids Research》（IF=17, 2019）等国际高水平学术期刊发表。

 依托以上研究成果，申请人研究成果获“陕西省自然科学一等奖”（序3），入选“2019年度中国生物信息十大算法和工具”，获“陕西省优秀博士论文”，“ACM SIGBIO 中国新星奖”和“西电首届校长奖”，入选 “西安市科协青年人才托举计划”，“西电华山菁英人才计划”和“西电基础研究跃升计划”等。受邀超20次在国际国内会议学术报告，包括国际三维基因组学研讨会（第11、12届）、计算系统生物学国际会议邀请报告（ISB2022），中国计算机学会生物信息学会议（CBC2020和CBC2025）特邀报告，生物信息学与智能信息处理学术年会（BIIP2019和BIIP2023）口头报告等。主持国家自然科学基金青年和面上项目【三维基因组研究】以及参与国家自然科学基金重点项目【单细胞多组学研究】，作为主要负责人之一撰写并负责教育部联合基金重点项目【疾病多组学研究】。担任ISCB China理事、CCF生物信息学专业委员会执行委员、CAAI生物信息学与人工生命专业委员会执行委员、中国运筹学会青年理事等职务。受邀担任BIIP、ISBRA、KDD等领域著名会议PC member, 领域著名期刊《Nature Communications》、《Genome Research》、《Genome Biology》、《Advanced Science》等期刊的审稿人。

 

招生信息

硕士招生专业为计算机科学与技术（学术型硕士研究生）和电子信息（专业型硕士研究生），非常欢迎本科生加入团队一起学习（ysye@xidian.edu.cn）。

 

主要研究成果参考

1)     Yusen Ye^*, Yiheng Wang, Shiji Liu, Yuxuan Hu, Liang Yu, Weibing Wang, Shihua Zhang, Hebing Chen^*, Lin Gao^*. CellLoop: Identifying single-cell 3D genome chromatin loops. Nature Communications, 2026. 【IF=17，中科院一区TOP】

2)     Weibing Wang, Junping Li, Yusen Ye^*, Lin Gao^*. BandHiC: a memory-efficient and user-friendly Python package for organizing and analyzing Hi-C matrices down to sub-kilobase resolution. BMC Genomics, 2026. 

3)     Junping Li, Han Xu, Hebing Chen, Jiadong Lin, Yusen Ye^*, Lin Gao^*. Identification of differential topologically associating domains from sparse chromatin contact maps. Genome Research, 2026.

4)      Yusen Ye, Lin Gao, Shihua Zhang. Circular Trajectory Reconstruction Uncovers Cell-Cycle Progression and Regulatory Dynamics from Single‐Cell Hi-C Maps. Advanced Science, 2019, 6(23): 1900986. 【IF=17，中科院一区TOP】【2019年度中国生物信息学十大算法和工具】

5)      Yusen Ye, Lin Gao, Shihua Zhang. MSTD: an efficient method for detecting multi-scale topological domains from symmetric and asymmetric 3D genomic maps. Nucleic acids research, 2019, 47(11): e65-e65. 【IF=17，中科院一区TOP】

6)     Yusen Ye, Zhang S, Gao L, et al. Deciphering Hierarchical Chromatin Domains and Preference of Genomic Position Forming Boundaries in Single Mouse Embryonic Stem Cells. Advanced Science, 2023: e2205162.【IF=16，中科院一区TOP】

7)      Weibing Wang, Lin Gao, Yusen Ye, et al. CCIP: predicting CTCF-mediated chromatin loops with transitivity. Bioinformatics, 2021, 37(24): 4635-4642.【CCF A】

8)      Junping Li, Lin Gao, Yusen Ye. HiSV: A control-free method for structural variation detection from Hi-C data. PLOS Computational Biology, 2023, 19(1): e1010760.【IF=4.0】

9)      Shichen Fan, Dachang Dang, Yusen Ye, et al. scHi-CSim: a flexible simulator that generates high-fidelity single-cell Hi-C data for benchmarking. Journal of Molecular Cell Biology, 2023: mjad003. 【IF=6.0】

10)   Enling Li, Lin Gao and Yusen Ye. CellFeature: Cell and Feature Co-Embedding from Single-Cell Multi-Omics with Heterogeneous Graph Model. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2024, pp. 976-981.

11)   Han Xu, Yusen Ye, et al. Beaconet: A Reference-Free Method for Integrating Multiple Batches of Single-Cell Transcriptomic Data in Original Molecular Space. Advanced Science. 2024, 11(26):2306770. 【IF=17，中科院一区TOP】

12)   Weibing Wang, Yusen Ye, et al. Statistical modeling and significance estimation of multi-way chromatin contacts with HyperloopFinder, Briefings in Bioinformatics, 2024, 25(4):bbae341.

13)   Junping Li, Minghui Sun, Yusen Ye, et al. DeCGR: an interactive toolkit for deciphering complex genomic rearrangements from Hi-C data. BMC Genomics, 2024, 25(1):1152.

14)  高琳,胡宇轩,叶育森,张世雄,单细胞数据驱动的关键问题与挑战,中国计算机学会通讯,2022,18(4:28-35.【重点论述单细胞三维基因组研究】

 

专利

1） 叶育森; 刘亚民; 高琳 ; 一种基于超图随机游走的scSPRITE数据补全方法, 2023-5-29, 中国, 2023106215951   

      2） 高琳; 宋拓; 叶育森 ; 基于图卷积网络的单细胞子区室检测方法, 2022-05-27, 中国,  202210600216  （2023年授权）

      3）高琳; 史凯玥; 胡宇轩; 叶育森; 张晨星 ; 大规模单细胞转录组数据高效聚类方法, 2021-04-27, 中国,  CN202110459530

 

基金项目

1) 国家自然科学基金面上项目，单细胞染色质结构识别及功能分析方法，2026.1-2029.12，项目负责人

2)  国家自然科学基金青年项目，三维基因组染色质结构域识别及功能研究，2021.1-2023.12，项目负责人

3）陕西省自然科学基金青B项目，单细胞三维基因组染色质结构建模方法，2026.8-2029.7，项目负责人

4）国家自然科学基金重点项目，跨物种多模态三维基因组调控大模型构建与应用，2027.1-2031.12，参与单位负责人

5)  国家自然基金重点项目，基于网络模型的癌症相关模式挖掘理论与方法，2016.1-2020.12，主要参与人

6) 西安电子科技大学“基础科研跃升计划优秀青年培育项目”，2026.1-2028.12，项目负责人

7）西安电子科技大学“基础科研跃升计划优秀青年储备项目”，2023.1-2025.12，项目负责人

8)  教育部联合基金重点项目 面向****机理解析的多组学高性能智能分析系统，2023.12-2026.12，子课题负责人

 

主要科研奖励

1）2026年度 “陕西省自然科学一等奖”       排名3

2）2019年度“中国生物信息十大算法和工具”   领域全国前十

3） 2022年度“ACM SIGBIO 中国新星奖”      领域全国唯三（排名第一）

4)  2022年度“陕西省优秀博士论文”                  省级100篇

5)    2022年度“西安电子科技大学优秀博士论文” 校级31名

6)   2019年度西安电子科技大学“首届校长奖”    校级博士唯三

7)   2023年度“西安市科协青年人才托举计划”  项目 市级80项